در مناطق شرقی ایران که شامل استان های خراسان بزرگ(شمالی، جنوبی و رضوی) و استان پهناور سیستان و بلوچستان می شود، دانشگاه های متعددی وجود دارد که زیر نظر وزارتخانه های علوم، تحقیقات و فناوری، بهداشت درمان و آموزش پزشکی، آموزش و پرورش و برخی دیگر از سازمان ها و وزارتخانه های دولتی هستند.
اما در این بین بیشترین و بزرگترین این دانشگاه ها معمولا زیر نظر وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قرار دارند.
در بین ده ها دانشگاه و دانشکده و مجتمع آموزشی و آموزشکده زیر نظر وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در شرق ایران، 8 دانشگاه از بقیه بزرگتر و قدیمی تر هستند که به نسبت تقریبا متوازنی در 4 استان شرقی کشور توزیع شده اند. هر یک از استان های خراسان رضوی و سیستان و بلوچستان بنابر وسعت و جمعیت بالایشان از سه دانشگاه معتبر و بزرگ ملی برخوردارند و در استان های خراسان شمالی و جنوبی با توجه به جمعیت زیر یک میلیون نفر و وسعت کوچک تری که دارند، یکی از دانشگاه های بزرگ و معتبر ملی قرار گرفته است.
بزرگترین دانشگاه شرق کشور، دانشگاه فردوسی مشهد است که در استان خراسان رضوی قرارگرفته است، دومین دانشگاه بزرگ دانشگاه سیستان و بلوچستان در شهر زاهدان است، پس از آن دانشگاه بیرجند در استان خراسان جنوبی رتبه سوم را در اختیار دارد و پس از آن دانشگاه حکیم سبزواری در شهر سبزوار واقع در منطقه خراسان غربی (نیمه غربی خراسان رضوی) قرار دارد. رتبه پنجم بزرگترین دانشگاه های معتبر ملی در شرق ایران به دانشگاه زابل در استان سیستان و بلوچستان تعلق دارد و دانشگاه بجنورد مرکز استان خراسان شمالی جایگاه ششم را به خود اختصاص داده است. دانشگاه دریانوردی و علوم دریایی چابهار در جایگاه هفتمین دانشگاه بزرگ معتبر ملی در شرق ایران قرار دارد و دانشگاه تربت حیدریه در منطقه خراسان مرکزی(بخش های مرکزی خراسان بزرگ و جنوب خراسان رضوی) هشتمین دانشگاه بزرگ ملی در شرق ایران محسوب می شود.
در سال های اخیر چند واحد دانشگاهی نوپای دیگر نظیر دانشگاه های بزرگمهر قائن، دانشگاه فناوریهای نوین سبزوار، دانشگاه نیشابور، دانشگاه مهندسی فناوریهای نوین قوچان، دانشگاه ولایت ایرانشهر و ... نیز در استان های شرقی ایران تأسیس شده اند که عمدتاً زیر یک دهه قدمت دارند و اکنون در مناطق خود مراحل تکمیل و تثبیت را سپری می کنند.
